L'astronave da carico Nostromo sta tornando sulla Terra quando Mother, il computer di bordo, interrompe l'ibernazione dell'equipaggio. Gli astronauti scoprono di essere ancora molto lontani da casa: Mother li ha svegliati perché ha captato un misterioso segnale, apparentemente una richiesta di soccorso, che proviene da un asteroide.

L'equipaggio atterra. Mentre Ash, Ripley, Brett e Parker rimangono sulla Nostromo, il comandante Dallas, Kane e Lambert si dirigono a piedi vero la fonte del segnale e vi trovano una astronave aliena. Una volta entrati, perdono il contatto con la Nostromo. All'interno scoprono un gigantesco scheletro fossilizzato. Kane, calatosi in una specie di stiva, vi trova centinaia di uova. Una di queste si schiude e improvvisamente ne esce un essere che si avvinghia al volto di Kane.

Dallas e Lambert trasportano Kane alla Nostromo, ma Ripley si rifiuta di farli entrare e vorrebbe obbligarli alla quarantena. Ash decide ugualmente di aprire il portello.

Dallas e Ash tentano di rimuovere l'alieno dal volto di Kane, invano: appena scalfita, la pelle dell'essere emette un potente acido molecolare, che per poco non corrode lo scafo della nave.

Qualche tempo dopo, l'alieno si stacca da solo e muore. Kane sembra stare bene, ma più tardi, mentre mangia, viene colpito da convulsioni. Un nuovo alieno gli esce dal corpo, sventrandolo, e si nasconde nei meandri dell'astronave.

L'equipaggio si mette a cercarlo. L'alieno, diventato più grande di un uomo, assale Brett, attardatosi a cercare il gatto Jones, e lo divora. Dallas, armato di lanciafiamme, cerca di braccarlo nei condotti dell'aria, ma viene a sua volta ucciso.

Ripley interroga Mother su come liberarsi dall'alieno, ma il computer risponde che, per ordini della compagnia proprietaria della Nostromo, l'alieno va trasportato sulla Terra anche a costo di sacrificare l'equipaggio. Ripley viene poi assalita da Ash, che tenta di soffocarla. A salvarla arriva Parker, che colpisce Ash, decapitandolo: Ash si rivela essere un robot con il compito di salvare l'alieno.

I sopravvissuti decidono di abbandonare la nave con il modulo di salvataggio. Lambert e Parker vengono uccisi mentre raccolgono le bombole di refrigerante necessario per l'ibernazione. Recuperato Jones, Ripley riesce ad attivare l'autodistruzione della Nostromo e a decollare con il modulo. La Nostromo esplode.

Mentre si prepara all'ibernazione, Ripley scopre che l'alieno è salito con lei sul modulo. Indossata una tuta spaziale, riesce a buttare l'alieno nello spazio e a bruciarlo con il getto dei motori.