La Narcissus, il modulo di salvataggio della Nostromo che trasporta Ripley in ibernazione, viene recuperata da una squadra di soccorso. Ripley si risveglia in un letto dell'ospedale di una stazione spaziale, in preda agli incubi. Burke, un impiegato della compagnia, la informa che è stata nello spazio per cinquantasette anni.

La commissione d'inchiesta che deve indagare sul destino della Nostromo non crede alla storia dell'alieno raccontata da Ripley. Sull'asteroide vivono ora intere famiglie di coloni, i terraformanti, con il compito di rendere respirabile l'atmosfera, e nessuno ha mai segnalato nessuna presenza aliena.

Ma un giorno, Burke offre a Ripley di tornare sull'asteroide: tutti i contatti con la colonia si sono bruscamente interrotti.

Ripley si imbarca come consulente sull'astronave Sulaco, insieme a un gruppo di marines armati di tutto punto. Lasciata la Sulaco in orbita, la squadra scende sull'asteroide con una navetta, dalla quale scendono usando un mezzo da sbarco.

A prima vista la colonia sembra abbandonata, con segni recenti di combattimento. Nel laboratorio, conservati in contenitori stagni, ci sono alcuni alieni simili a quello che aveva attaccato Kane. Ripley trova una bambina ancora viva e terrorizzata, Newt, che è riuscita a sopravvivere nascondendosi nei cunicoli sotto il pavimento.

I marines riescono a individuare i coloni in una struttura interna della base. Scendono per raggiungerli, attraversando corridoi di materiale organico. Trovano una donna ancora viva, prigioniera di una sostanza vischiosa, che li implora di ucciderla. Non fanno in tempo a liberarla che dal petto della donna esce un alieno che tanta di aggredirli. I marines cercano di difendersi e battono in ritirata, ma alcuni di loro vengono uccisi o catturati.

I piloti della navetta che deve recuperare i superstiti vengono uccisi a loro volta da un altro alieno, e la navetta precipita. Ripley, Newt e gli altri rimangono bloccati sull'asteroide. Tra di loro c'è un robot, Bishop, che scopre che l'impianto nucleare che fornisce energia alla colonia è rimasto danneggiato dalla battaglia e sta per esplodere.

L'unica speranza è quella di far scendere una nuova navetta dalla Sulaco, compito che viene affidato a Bishop, che si infila in uno stretto condotto per raggiungere l'antenna parabolica per mettersi in conttato con la Sulaco. Gli altri intanto si barricano nel laboratorio.

Burke cerca di convincere Ripley a portare con loro almeno uno degli alieni, per poterlo studiare. Ripley rifiuta. Più tardi, Burke libera gli alieni prigionieri nel laboratorio nella stanza dove Ripley e Newt stanno dormendo. I marines arrivano appena in tempo per salvarle. Stanno per giustiziare Burke, quando decine di alieni irrompono nel laboratorio, superando le barricate.

Il gruppo ripiega verso le piattaforme di lancio. Newt viene rapita. Degli altri, si salvano solo Ripley e Hicks, che rimane ferito dal sangue acido degli alieni. I due riescono a raggiungere Bishop e la navetta.

Ripley ordina a Bishop di non partire e va alla ricerca di Newt. La trova poco prima che un alieno appena uscito da un uovo le si attacchi al volto. Fuggendo, le due si ritrovano in una distesa di centinaia di uova, faccia a faccia con la regina che le depone. Ripley brucia le uova e fugge con in braccio Newt. Riescono a salire sulla navetta mentre la regina le insegue. Bishop decolla e riesce ad allontanarsi dalla zona prima dell'esplosione dell'intero complesso.

Tornati sulla Sulaco, Bishop viene fatto a pezzi dalla regina, riuscita a sua volta a salire sulla navetta. Ripley, usando un robot elevatore da trasporto, la affronta e riesce a spingerla nella camera di decompressione e a espellerla nello spazio.