Sono passati duecento anni dalla conclusione di ALIEN3. Sull'astronave Auriga, alcuni scienziati militari sono riusciti a clonare Ripley dalle poche cellule ritrovate nella fornace di Fiorina 161. Gli scienziati riescono a clonare anche la regina aliena, che si trovava nel corpo di Ripley, che inzia a deporre uova.

Per generare nuovi alieni, gli scienziati usano cavie umane, rapite da un gruppo di mercenari tra l'equipaggio ibernato di una astronave di passaggio.

La nuova Ripley comincia a ricordare la sua vita precedente (un effetto dovuto al mischiarsi del suo Dna con quello alieno). In più, il suo sangue è corrosivo come quello degli alieni, ai quali sembra collegata da una specie di empatia.

Due alieni uccidono un loro compagno. Il sangue che esce dal corpo corrode il pavimento della cella e gli alieni riescono a fuggire e a liberare gli altri. Con la nave in preda agli alieni, i militari fuggono sui moduli di salvataggio. Alcuni di loro vengono raggiunti, catturati o uccisi. Il computer mette automaticamente l'Auriga in rotta verso la Terra.

Ripley si mette a capo dei mercenari e insieme tentano di raggiungere la Betty, la loro astronave ancorata all'Auriga. Ma l'Auriga è rimasta danneggiata ed è in preda agli alieni. Nuotando attraverso una sezione allagata, il gruppo viene raggiunto e decimato.

In un laboratorio, Ripley trova alcuni mostri conservati in formaldeide: sono i tentativi falliti della sua clonazione. In fondo alla stanza trova anche un'altra se stessa, incatenata a un tavolo, deforme e mutilata. Sconvolta, Ripley distrugge la stanza con un lanciafiamme.

I mercenari, con l'aiuto dell'androide Call, riescono a riprendere parzialmente il controllo sul computer e a raggiungere la Betty, ma un nuovo mostro, partorito dalla regina aliena, li insegue. Ripley riesce a espellerlo dall'astronave, bucando un oblò con il proprio sangue.

L'Auriga, dirottata, esplode al rientro nell'atmosfera terrestre, mentre i superstiti si sganciano con la Betty.